Lühidalt: POP3 laeb kirjad serverist sinu seadmesse alla ja kustutab need serverist, mistõttu on kirjad nähtavad ainult ühes seadmes. IMAP hoiab kirju serveris ja sünkroonib neid kõigi seadmete vahel, nii et sama postkasti saab korraga kasutada mitmes seadmes ja mitme kasutajaga. Enamikul juhtudel soovitame IMAP-it.
POP3 puhul laetakse kirjad kasutaja e-posti kasutava kliendi alla ja seejärel e-posti klient kustutab need serverist.
IMAP aga jätab kirjad serverisse alles ja kasutaja arvutisse laetakse alla koopiad ehk kirjad hoitakse serveri ja kasutaja vahel sünkroniseerituna. See on otstarbekas ka ühise postkasti kasutamise korral. Saadetavad kirjad salvestatakse ka serveri "Sent" kataloogi.
IMAP 'i kasutamisel on oluline erinevus POP3 protokollist veel see, et IMAP võimaldab mitmel kasutajal samaaegselt postkasti siseneda (meiliserverisse sisselogida). POP3 protokoll võimaldab ainult üht sisselogimist postkasti kohta korraga.
